Na verdade, isso é muito fácil, simplesmente mal documentado. (Eu sei, passei muito tempo procurando por essa resposta).
No arquivo /etc/yum/pluginconf.d/rhnplugin.conf
, basta criar uma seção correspondente ao nome do canal para o qual você deseja desabilitar verificações.
# Company Development centos 6
[company-dev-centos6-x86_64]
gpgcheck = 0
A página de manual nem menciona que isso pode ser feito. Mas há comentários no arquivo que demonstram isso.