Após algumas investigações com meu antigo colega, ele apontou que havia um problema com as permissões pt_chown.
Esta é a solução para o Centos 5/6 e o Debian que também podem incorrer em problemas estranhos, principalmente em imagens VPS.
Eu não gravei as permissões iniciais de pt_chown, mas depois de alterá-las por meio desse comando, meu problema de PTY foi resolvido.
chmod u=rwxs,g=rx,o=rx /usr/libexec/pt_chown; #/usr/lib/pt_chown on debian 6
chown root:root /usr/libexec/pt_chown; #/usr/lib/pt_chown on debian 6