Bem "não faça isso" é a resposta correta. Usar o MTA para alterar o conteúdo do email cria tantos problemas que não vale a pena.
Mas se você realmente quiser se superar, eu suponho que usar o patch qmailqueue funcionará. Isso permite que o qmail-smtpd chame um programa diferente do qmail-inject quando receber uma mensagem. Geralmente é usado para escanear o e-mail com algum software antivírus / antispam, mas nada diz que não pode fazer mais nada que você queira.
Crie um script que possa ser inserido via QMAILQUEUE que decomponha a estrutura MIME dos emails e faça a substituição apropriada e, em seguida, recrie a mensagem. Perl e Mail :: MIME provavelmente serão seus amigos.
Boa sorte; -)