Você pode tentar emitir manualmente comandos de backup completos, um após o outro. Toda vez que você fizer isso, o backuppc irá transferir um pedaço diferente dos dados. Quando o backup for bem-sucedido, você saberá que todos os seus dados foram transferidos.
Você também pode usar a opção de compactação do ssh para acelerar o processo e reduzir as iterações.
Os backups incrementais adicionais não devem causar nenhum problema, pois geralmente são muito menores em tamanho, portanto, menores no tempo, portanto, sua conexão não atingirá o tempo limite.