As únicas razões válidas para usar o CGI em preferência ao fastCGI ou a um módulo do apache são
- para economizar recursos onde a caixa está exibindo um muito pequeno número de páginas dinâmicas
- onde você precisa invocar a funcionalidade usando um uid diferente (por exemplo, via suexec).
- onde o seu mecanismo de processamento (ou seja, o interpertador PHP) é muito, muito flakey ou no processo de sofrer várias alterações - e, em seguida, apenas para testes do sistema
Se nada disso se aplicar, seu website será muito mais lento e exigirá mais recursos para operar, já que o sistema operacional precisa iniciar um novo processo para cada solicitação.