Nenhuma maneira interna de fazer isso, eu tenho medo, a maneira como o mysql funciona é apenas definir o datadir e então todos os bancos de dados devem estar lá em seus diretórios.
Se você quiser fazer isso, certifique-se de que o usuário em que o mysql está rodando tenha acesso aos diretórios finais, e que os links de software devem estar bem, eu acho.