Cached variables: 3562 ( 14.3 MBytes)
Isso é o que está causando sua fragmentação. O GC está limpando-as e as chances são de que elas sejam colocadas em uma nova "fatia" quando forem regeneradas.
Você pode tentar subir o GC TTL em variáveis de usuário - mas se o código para o seu uso de APC estiver manipulando manualmente os TTLs que podem ser parte do problema.
3500+ vars é um pouco para o que estou vendo (apenas 500 arquivos armazenados em cache, 100MB SHM); A APC não pode ser aproveitada corretamente.
Editar:
Hits 19195
Misses 13830
Insert Rate 1312.99 cache requests/second
< - Isso me leva a pensar que algo não está configurado corretamente. Tecnicamente, isso está me dizendo que seu armazenamento em cache é altamente ineficaz, pois 33% das variáveis armazenadas em cache são geradas a cada segundo.