Uma razão é que algumas organizações padronizam em um servidor de aplicativos específico e insistem que todo aplicativo Java seja executado nesse servidor de aplicativos.
Outra razão seria que a pessoa que instala o Jira pode estar mais confortável trabalhando com o JBoss que o Tomcat.
Não há vantagem em rodar o Jira no JBoss e o desempenho pode ser mais lento se a instância do JBoss que está executando o Jira não for otimizada.