A Amazon diz para usar o EBS link
Revisão de 2013:
Se estiver usando uma instância simples do EC2, a resposta ainda é usar o EBS como armazenamento para os arquivos db. No entanto, no meu teste (relativamente extenso) dessa configuração, o desempenho de gravação do SQL Server era muito menor do que o desejado ao usar EBS "simples". Existe agora um EBS "fast IO" especial que deve abordar isso: link
Hoje, a Amazon oferece o RDS, que oferece o SQL Server hospedado. Esta é uma oferta muito boa, mas também é muito restrita em seu uso no mundo real (por exemplo, você não pode usar ferramentas de terceiros no seu servidor db, etc.). Como resultado, eu não testei o RDS (embora eu queira).
Então, tudo se resume a uma história de preço / desempenho. Para obter controle total sobre seu ambiente SQL IO, você precisa de hardware dedicado. Dependendo do que você precisa do EC2, ter hardware dedicado pode fazer sentido.