A maneira mais fácil de realizar isso na v3.5 é executar a VM por meio do software VMWare Converter novamente, desta vez escolhendo um tamanho de disco menor.
Você precisará ter espaço suficiente para manter a VM original e a nova VM enquanto a conversão é concluída, mas, depois que a nova VM for inicializada com êxito, você poderá remover a cópia antiga.