Deve estar bem - O fato de serem ambos servidores de banco de dados é irrelevante, já que eles se comunicam em portas diferentes. O MySQL normalmente roda na porta 3306 & MSSQL Sever nas portas 1433 e 1434.
Você talvez tenha problemas de desempenho executando ambos, mas caso contrário, eles devem cuidar de seus próprios negócios.
Por que vale a pena, eu recomendo virtualizar o MySQL em vez de adicioná-lo a outro servidor, especialmente se for um servidor de produção - torna a resolução de problemas e a remoção muito mais fáceis!