É provável que seja um vazamento de memória em um plug-in instalado e ativado.
Por exemplo, o plug-in wp-super-cache é conhecido por causar problemas , like this .
A melhor abordagem seria desabilitar todos os plug-ins e temas e, em seguida, medir o uso de memória novamente. Supondo que isso resolve seu problema, você pode ativar cada plug-in e tema novamente para ver o efeito que eles têm sobre o uso da memória.
EDITAR: Eu encontrei um exemplo disso aqui , onde a propriedade dos arquivos no cache foi alterada causou um vazamento de memória como você descreveu.
Em seu caso particular, você executou a instalação do wordpress como root, criando efetivamente arquivos com uma propriedade que não pode ser gravada pelo servidor da web.
Você deve conseguir corrigir a propriedade desses arquivos no cache para resolver seu problema.
Claro que pode não ser o plugin wp-super-cache que está causando o seu problema. Você ainda não postou de volta se a desativação de plugins tiver algum efeito, por isso ainda estou trabalhando nessa suposição.