Aqui estão mais alguns lugares para procurar pistas ...
Lista de itens
Vá para Configurar - > Hosts - > (o host ou modelo) - > Itens para obter uma lista de itens que o host está verificando. A coluna mais à direita será uma marca de seleção verde ou um x vermelho. Se o item em questão é um x vermelho, você pode passar o mouse sobre ele para ver o erro.
Fila
Vá para Administração - > Fila para ver quantos itens estão "presos" e não estão sendo atualizados. É só um casal ou você tem um problema sistêmico com muitos itens?
Log do servidor
Como alguém disse, verifique seu arquivo zabbix_server.log. Você também pode querer temporariamente aumentar a saída de depuração editando o arquivo zabbix_server.conf.
Verifique essas coisas e atualize sua pergunta com as descobertas para que possamos ajudá-lo ainda mais.