Quando você faz o login como usuário, o vsftp assumirá como padrão colocar você no diretório inicial desse usuário. Se você quiser fazer o ftp para o linux-server e deixá-lo cair em /var/www , a maneira mais fácil seria criar um usuário FTP cujo diretório pessoal está definido como /var/www .
Como alternativa, uma solução melhor pode ser configurar o FTP anônimo e fazer com que o diretório FTP anônimo seja /var/www/ (supondo que você não precise que ele seja restrito e protegido (claro que, se você fizer isso, você deve estar usando ssh / scp / sftp)).