A resposta curta é "não". Desculpe.
Uma solução que fiz foi colocar os arquivos de dados innodb em um dispositivo e o datadir em outro. Isso tem o efeito de ser uma maneira pobre de dividir suas tabelas innodb e myisam em diferentes armazenamentos. Mas isso não o ajuda em uma situação de mesa gigante.
Da mesma forma, o recurso de particionamento nativo do 5.1 apenas divide a tabela em vários arquivos, mas eles ainda vivem no datadir.
Se você espera que esse crescimento continue indefinidamente, não há maneira de contornar isso, você precisa projetar uma camada de abstração em vários servidores mysql. Se você acha que vai se afunilar, provavelmente você pode sair com um DAS grande ou SAN de nível de entrada.