Meu entendimento é que as instâncias do EC2 agem como se fossem servidores independentes em uma rede comutada, portanto, o tráfego deve ir apenas para e de suas instâncias se estiver lá, e não ficar visível para nenhuma outra instância além da origem e destino dentro de sua rede, então o nível de segurança que você está procurando pode ser um exagero.
Dito isso, dê uma olhada em scp para copiar arquivos entre instâncias, pois isso fornecerá criptografia para você. O MySQL 5 também suporta SSL entre clientes e o servidor .
Se você quiser criptografar todo o tráfego, independentemente do uso, uma VPN site-to-site segura pode ser uma opção.