Para consertar você precisa
sudo chown your_user:your_user -R /home/your_user
A mudança ocorreu quando você executou algo, apenas um programa gráfico como root. Dependendo de como você chamou o programa, as variáveis ambientais, neste caso $ HOME, não foram alteradas.
Em geral, use sudo -i
ou, pksu
Veja:
Por que os usuários nunca devem usar o sudo normal iniciar aplicativos gráficos?
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