apport e apport-gtk são ambos marcados como dependências por ubuntu-mate-desktop . Se você remover um dos primeiros, o último também será removido.
ubuntu-mate-desktop é um meta-pacote, incluindo o conjunto de pacotes que compõem o Mate DE. apport e apport-gtk fazem parte deste conjunto, o que significa que são considerados componentes principais deste DE. Se você remover um deles, você não terá mais o Ubuntu Mate DE instalado e o meta-pacote será removido. No entanto, todos os outros pacotes permanecem instalados e o DE deve funcionar como antes.
Finalmente, note que em versões estáveis o Apport está desabilitado por padrão.