Sim, eu me deparei com isso. É muito provável que o Hyper-V esteja segurando o arquivo. Você provavelmente precisará interromper o serviço de Gerenciamento de Máquina Virtual do Hyper-V para excluir o VHD. Ou isso ou reinicie o host do Hyper-V. Como alternativa, você pode verificar se há um processo de trabalhador de máquina virtual que corresponda à VM excluída. Se houver, você pode matar o que deve permitir que você exclua o VHD.
Você pode executar isso no Powershell para ver se há um ID de processo "GUID" que corresponde a um processo de trabalhador de máquina virtual (encontrado clicando com o botão direito no processo de operador de máquina virtual no Gerenciador de tarefas, selecionando "Ir para detalhes" e procurando no nome de usuário "GUID"). Se você encontrar um processo correspondente para a VM excluída, elimine esse processo e exclua o VHD.
Get-WmiObject -Namespace root\virtualization -class msvm_computersystem | select elementname, operationalstatus, processid, name| ft -auto