O que você está pedindo é uma pergunta muito carregada. Por quê?
Você não está olhando para isso da maneira errada. Eu gostaria que mais pessoas fizessem esse tipo de pergunta.
Acredite ou não, existem raras circunstâncias em que versões mais antigas do MySQL podem superar versões mais recentes do MySQL. Quando ? Em um único ambiente segmentado.
Eu escrevi sobre isso anos atrás, onde cito o MySQL Performance Blog
-
Jun 19, 2011
: Como faço corretamente executar um bake-off do MySQL? -
Apr 12, 2012
: É o desempenho da CPU relevante para um servidor de banco de dados?
Percona encenou uma comparação completa do jeito que você expressou, todas as coisas sendo iguais. Isso se aplica em termos de configuração de hardware e my.cnf.
MySQL 4.1 e MySQL 5.1 com o plugin InnoDB (o MySQL 5.1.38 introduziu o InnoDB Plugin (veja MySQL 5.1 Documentation entitulado The InnoDB Storage Engine
sob o cabeçalho Additional Resources
)) parece ser mais rápido que versões mais recentes do MySQL "todas as coisas sendo iguais".
Quando se trata de "todas as coisas sendo iguais" e procurando o melhor desempenho possível, tudo o que você realmente tem é aumentar o hardware (adicionar mais CPUs, adicionar RAM, melhorar o disco, etc). Usar versões mais antigas do MySQL provavelmente ajudaria um pouco, mas você está à mercê dos bugs que as versões mais antigas do MySQL ainda têm.
Sem alterar nada neste ponto, basta acessar o Servidor 1.
Se você decidir ir para mais CPUs, então atualize o MySQL. Você deve ajustar corretamente o uso do InnoDB pelo MySQL .