Defina o serviço para início manual. No mesmo script que você executa para copiar os arquivos, inicie o serviço. Esse script pode ser executado pelo agendador de tarefas como qualquer usuário.
Eu tenho uma área de trabalho do Windows 7 e um servidor Linux executando serviços SSH e Samba.
A máquina Windows possui um diretório de arquivos que precisam ser sincronizados com uma cópia no servidor Linux.
A máquina do Windows tem um serviço que usa esse conjunto de arquivos quando está em execução, e eu preciso copiar os arquivos antes que esse serviço esteja em execução para garantir a integridade dos arquivos copiados.
Os arquivos são grandes (centenas de MB) e, idealmente, eu gostaria de usar o rsync para tornar esse processo eficiente. Eu acredito que posso fazer isso com o cygwin.
Então existe uma maneira de fazer um script (eu estou supondo um arquivo BAT) que é executado como um usuário específico, mas antes de outro serviço específico (por exemplo, na máquina ligada, mas depois que a rede é estabelecida) e rsyncs os dados para o compartilhamento de samba do servidor ou (melhor) sobre ssh.
Seria bastante fácil em um ambiente Linux, mas não sou especialista em Windows.