Essas configurações são armazenadas no elemento <logFile>
do elemento <siteDefaults>
em %SystemRoot%\System32\InetSrv\config\applicationHost.config
.
Não estou ciente de nenhuma funcionalidade de "estoque" na Diretiva de Grupo que permita o gerenciamento dessas configurações. A API Microsoft.Web.Administration é uma API de código gerenciado que você poderia chamada do PowerShell para alterações de script no arquivo. Você também pode procurar usar AppCmd.exe para script de algo usando arquivos em lote da velha escola, também.
O comando abaixo, por exemplo, define a configuração padrão do servidor para o tempo de rolagem do arquivo de log para usar a hora local:
appcmd.exe set config -section:system.applicationHost/sites /siteDefaults.logFile.localTimeRollover:true /commit:apphost
A execução de um script para fazer modificações no arquivo applicationHost.config
como um Script de Inicialização da Diretiva de Grupo parece ser uma opção razoável para mim.