O script ResetSearchIndex.ps1 não existe em 2013, portanto, você precisa fazer isso manualmente. Em vez de excluir a pasta que contém os arquivos de índice (aquele com o GUID longo), você pode renomeá-lo (depois de parar o HostControllerService). Quando você reiniciar o serviço, ele criará uma nova pasta.
Você pode executar o comando:
Get-MailboxDatabaseCopyStatus -Server <servername>| FL Name,*Index*
para ver o status dos índices, MAS seja paciente, pois pode levar alguns minutos para o sistema mostrar que o rastreamento do índice está ativo novamente.
Eu fiz isso em dois bancos de dados de caixa de correio.