Isso funcionou no meu teste com os caminhos que você deu:
cd /var/www/photos
mv 2012 old
mv old/1007/1007 .
mv 1007 2012
O que está acontecendo é que você está tentando mover um diretório por cima de um diretório existente - e não gosta de fazer isso porque há coisas no diretório. Ao renomear 2012 primeiro, você pode movê-lo sem problemas.