Solicitações de arquivos .png estão sendo manipuladas pelo seu location ~* \.(js|css|png|jpg|jpeg|gif|ico)$
. Apenas pare com isso ao manipular arquivos png e adicione um novo local que apenas os manipule:
server {
location ~* \.(js|css|jpg|jpeg|gif|ico)$ {
# the same stuff you already had in here
}
location ~* ^(?<basename>.*)\.png$ {
rewrite ^ $basename.php last;
}
# your other locations
}