Você pode ter mais de um arquivo pf.conf. Algo parecido com isto:
/etc/pf.conf
/<whatever path>/tshaping.conf
/<whatever path>/other_rules.conf
e apenas execute:
pfctl -f /etc/pf.conf
pfctl -f /<whatever path>/tshaping.conf
pfctl -f /<whatever path>/other_rules.conf
No entanto, você pode manipular as Tabelas rapidamente usando o pfctl (8).
Então, você pode fazer isso: echo -n "altq on re0 cbq bandwidth 10Mb queue { myqueue }\nqueue myqueue bandwidth 1Mb cbq(default)\n" > /whatever path>/tshaping.conf; pfctl -f /<whatever path>/tshaping.conf