Ok, isso resolve o enigma.
Se xm list
mostrar seu DomU sem ID, este é um chamado "DomU gerenciado".
Nesse caso, a configuração é permanentemente carregada no xen-store.
Para recarregar sua configuração, você precisa emitir xm delete
para o DomU.
Depois disso, use xm new
para recriá-lo com as novas configurações (sem iniciá-lo).