Como você suspeita, seu domínio NÃO teria sido desativado se você estivesse usando diferentes servidores de nomes. Vamos esclarecer um pouco a terminalogia:
Como evitar tempo de inatividade se o registrador de domínios ficar inativo?
Seu domínio não ficará inativo quando seu registrador ficar inativo. Ele só caiu porque você usou a mesma empresa atuando em dois papéis diferentes ao mesmo tempo: como registrador e também como provedor de serviços de nomes.
Tudo funcionará bem enquanto o registrador estiver indisponível, exceto que você provavelmente não poderá fazer alterações na delegação do seu domínio ou nos dados do WHOIS.
Como evitar tempo de inatividade se o registro do domínio cair?
Novamente, isso não acontecerá. O registro é apenas um banco de dados. Os registradores preenchem o banco de dados e, por sua vez, preenchem os servidores de nomes gTLD ou ccTLD.
Novamente, você provavelmente não conseguirá fazer alterações enquanto estiver inativo.
MAS! Observe que, em muitos casos, o registro do domínio e o operador do servidor de nomes podem ser a mesma entidade, portanto, consulte o próximo parágrafo.
Como evitar atrasos se os servidores de nomes do domínio pai diminuírem?
(por exemplo, seu domínio é "example.com" e os servidores de nomes de "com" foram desativados.)
Resposta: você não sabe. Caiu!
Mas os clusters de servidores de nomes para todos os gTLDs (com., net., org., etc ...) e os ccTLDs mais respeitáveis (ca., jp., fr., etc ...) são bastante robustos e muito bem distribuído. Eles não descem com frequência (ou mesmo).
Como evitar tempo de inatividade se os próprios servidores de nomes do domínio forem desativados?
Você não tem, mas espera-se que você tenha pelo menos dois (ou três ou mais) servidores de nomes hospedando seu domínio e nem todos serão afundados ao mesmo tempo.