O CNAMES redireciona o tráfego de um subdomínio para outro. Por exemplo, se você tivesse um registro A "www.mysite.com A 10.10.10.10" e adicionasse "test.mysite.com CNAME www.mysite.com.", Test.mysite.com seria essencialmente 10.10.10.10.
O que você quer é um registro A ftp.meudominio.com apontando para sua máquina linux. Você precisaria remover o registro existente que já existe e substituí-lo pelo seu. (Pode não haver um, pode estar coberto por uma entrada de DNS curinga). Esteja avisado, você não poderá mais usar o ftp.mysite.com para acessar o servidor da web.