Sim, você pode. Confira: checkinstall (eu não uso há algum tempo, mas ainda deve funcionar)
Com ele, você pode configurar as fontes conforme necessário (com ./configure --with-foo --without-bar ) e compilar (com make ). Insted de executar make install para instalá-lo, basta executar checkinstall e ele criará um arquivo .rpm (ou .deb ou .tgz) do pacote que seria instalado via make install .
Ele não funciona com todos os pacotes, mas eu tive uma boa experiência com ele nos meus dias do Slackware.