A linha clean
informa apt-mirror
quais diretórios devem verificar os arquivos que não estão mais presentes no espelho pai (e, portanto, podem ser excluídos).
Não é obrigatório, mas é uma boa prática para grandes espelhos regularmente atualizados.
Para o seu caso específico (espelho da versão EOL), você não precisa de uma linha clean
, pois o espelho EOL nunca será alterado, portanto, nunca deve haver um arquivo para ser excluído.