TREE é o ramo atual em que você está. MERGE-SOURCE é o ramo que você mesclou no ramo atual.
Digamos que você esteja em trunk e você se funda em alguma outra filial feature-123 e você tenha um conflito. Se você olhar para o diff, poderá ver linhas como estas:
<<<<<<< TREE
changes you did
in your
current branch
=======
changes others did
in the
other branch
you're merging from
>>>>>>> MERGE-SOURCE
As linhas entre TREE e ====== são linhas que foram adicionadas na ramificação atual, trunk .
As linhas entre ======= e MERGE-SOURCE são linhas que foram adicionadas na outra ramificação, feature-123 .