Eu simpatizo, mas com o Exchange 2003, suas opções podem ser um pouco limitadas - não foram projetadas para serem manipuladas através do shell. Eu não estou tentando ser negativo aqui, apenas realista.
A única idéia que tenho é fazer um net stop e, em seguida, um comando net start no serviço de armazenamento de informações - isso deve remontar a loja. Já faz um tempo que trabalhei com o Exchange 2003, mas acho que as duas linhas do script em lote abaixo farão isso.
net stop "Microsoft Exchange Information Store"
net start "Microsoft Exchange Information Store"
(observe as aspas em torno do nome do serviço)
Ah, e tenho certeza de que você viu o cenário discutido aqui , mas sob as circunstâncias, tenho certeza que você não se importará em garantir.