Não há nenhuma preocupação com sua opção 2 para um site sem tráfego intenso. O HTML ainda será renderizado como HTML normal, mas também processará o SSI.
Como um lado, há uma razão pela qual você usaria SSI em vez de uma solução de script completa como ASP.NET, PHP ou mesmo ASP clássico? SSI viveu uma ótima vida, cerca de uma década atrás.