Para a maioria das máquinas servidor, ele provavelmente deve estar atingindo arquivos em% PROGRAM_FILES% na inicialização e inicialização, e não muito frequentemente depois disso - ele deve obter tudo o que precisa para ser executado na memória e, em seguida, entrar / sair conforme necessário sem ter que bater o arquivo original real no disco novamente.
Uma exceção pode ser arquivos de log, se eles estiverem na árvore de diretórios que você compactou. E nesse caso ele está fazendo uma tonelada de gravações, então não vejo compactação ajudando de maneira alguma o desempenho do IO. Se seus aplicativos envolvem geração ou busca por arquivos grandes, isso também faria diferença. Mas em ambos os casos, você não deve ter esses arquivos localizados no volume do seu sistema; se eles estiverem cheios, seu sistema estará inativo, portanto você deve manter esses arquivos transitórios ou em crescimento em uma partição diferente (que você pode ou não querer compactar).
Outra exceção seria se estiver atingindo uma tonelada de binários diferentes durante as operações normais, mas imagino que isso seja muito mais comum em uma máquina desktop do que a maioria dos servidores. Uma exceção seria um servidor Citrix ou TS apresentando sessões completas de desktop; Tenho certeza de que poderia haver alguns outros cenários também.
Então, imagino que a melhor resposta seria "depende da carga de trabalho do seu servidor. Experimente com e sem benchmarking apropriado e diga-nos o que encontrou."
Como uma nota lateral, se você tiver um novo hardware, configurado corretamente, por que liberar espaço em disco em c: \ seja uma preocupação?