mod_php:
- um pouco mais rápido que o mod_fcgid
- é executado no processo httpd
- tem acesso ao apache api (de.php.net/manual/en/ref.apache.php)
- ruim para hospedagem compartilhada, já que todos os domínios são executados sob o mesmo usuário
mod_fcgid:
- scripts são executados sob o usuário que você deseja (bom para hospedagem compartilhada)
- segurança aprimorada
- pode correr mais do que apenas php
- você pode rodar várias versões php, por exemplo, php4, php5, php5.1, php5.2, php 5.3