Eu tenho a solução completa para limpar permanentemente sua infraestrutura innodb !!!
Toda a minha tabela no banco de dados é criada depois que eu habilitei a opção "innodb_file_per_table", então não entendo porque o ibdata1 ainda está crescendo de tempos em tempos, mesmo com uma velocidade muito lenta.
Eu tenho a solução completa para limpar permanentemente sua infraestrutura innodb !!!
Quando você usa file_per_table, isso não significa que o ibdata * não seja usado. Ainda haverá "metadados" armazenados para todas as suas tabelas InnoDB ... Apenas os dados em si vão para os outros arquivos