tudo depende do seu padrão de uso - você precisa de alto desempenho para pesquisas nesta tabela? As pesquisas serão distribuídas uniformemente em toda a tabela ou apenas nos dados mais recentes? Se os selects atingirem as linhas inseridas recentemente, considere o particionamento. Verifique este e isso .
myisam carga de escrita quase + pesada soa como uma má ideia para mim. vai innodb. aprenda sobre o ajuste desse mecanismo, use discos rápidos, tenha configuração de memória / buffer pool suficiente para caber pelo menos índices em ram.
verifique postagens no mysqlperformanceblog - você encontrará muitos bons conselhos por lá.
gasta muito tempo em benchmarking - veja como o sistema se comporta sob carga prolongada [você pode ver quedas no desempenho devido a checkpointing - é aceitável? ou talvez você precise obter 5.5 ou xtradb resolver esse problema?]