Mesmo aplicativos ASP.NET pré-compilados têm um ataque de inicialização desagradável. Geralmente quanto mais complexo o aplicativo, mais dolorosa é a inicialização. Escrever um script pode ajudar, mas provavelmente é melhor alterar as configurações do pool de aplicativos para não desligar a cada 1740 minutos, que é o padrão. Eu costumo começar com nunca e trabalhar o meu caminho se houver problemas.