Eu uso o ClustalX para alinhar algumas sequências excepcionalmente grandes em minha área de trabalho em casa, isso leva mais de uma semana para ser concluído e é executado bem abaixo da capacidade máxima da máquina.
O top | grep clustalx fornece a seguinte saída
5985 @ nomedeusuário 0 -20 1971048 105428 9012 R 99.9 2.7 5829: 27 clustalx
Ele mostra que o uso da CPU é de ~ 100 e o uso de memória ~ 3% de RAM. Mas o monitor do sistema diz o contrário,
Existem 2 núcleos de CPU funcionando no máximo na imagem, isso porque estou usando o firefox e o monitor do sistema, caso contrário, é apenas um. Eu também defini a prioridade do clustalx para Very high e, no entanto, não há melhora considerável que eu possa ver.
O que mais devo fazer que utiliza mais CPU e RAM. Qualquer sugestão seria útil.
Carga média ~ 2,7 (quando estou usando outros programas também)
Eu vi o seguinte post relacionado a isso, mas eles não respondem à minha pergunta:
Como aumentar o uso de cpu [fechado]
Especificações do sistema:
Ubuntu 64 bits 14.04 LTS em partição de disco rígido de 154 GB, 4 GB de RAM, processador Intel Core i3-4130 a 3.40GHz × 4 e troca de 10 GB.
Espectro do programa: ClustalX for linux - Usado no alinhamento de seqüências biológicas.
Para determinar se meu programa é de 32/64 bits, usei
find /usr/bin/clustalx
/ usr / bin / clustalx: executável LSB de 64 bits ELF, x86-64, versão 1 (SYSV), ...
Fácil: execute seu programa quantas vezes você tiver núcleos ...
Eu faço o mesmo para transcodificar vídeo em vários formatos: nem todos os codificadores de vídeo são multi-core / multi-CPU, então eu executo um video-encore para uma resolução em um core e o outro (com diferentes parâmetros da linha de comando) em outro núcleo.
Analistas de baixa qualidade: alguns problemas complexos têm soluções extremamente simples.
De acordo com isto:
parece que o clustalx terá apenas um núcleo, e você precisa usar omega clustal ou mafft.