A chave era usar o comando runas em um prompt de comando de permissões elevadas usando um login associado ao domínio no qual os servidores que eu quero monitorar residem. O comando é o seguinte:
runas / netonly / usuário: domínio \ nome de usuário "mmc"
Eu corro mmc e adiciono o perfmon snap em vez de executar o perfmon para que eu possa salvar minhas configurações (estou bastante decepcionado, isso não pode ser feito diretamente através do perfmon). Depois de salvar minhas configurações, uso este comando para abrir essas configurações:
runas / netonly / usuário: domínio \ nome de usuário "mmc \ somepath \ savesettings.msc"