Tente fazer isso primeiro em duas etapas:
mysqldump -uroot -ppassword --skip-extended-insert database.sql > database.sql
Por isso, faz o backup em um arquivo e, em seguida, canaliza isso para o segundo comando:
mysql -u myuser -pmypassword -C mydatabase_Beta < database.sql
Se o erro de referência estiver na etapa mysqldump, corrija as exibições ou solte-as do banco de dados. Eu não posso imaginar eles ainda são usados se eles referenciam uma tabela não existente.