Se estiver montando e rodando por algum tempo apesar da mensagem, talvez a maneira mais fácil seja clonar o conteúdo do vmdk para um novo arquivo vmdk? (usando ferramentas tradicionais de clonagem ou cópia)
Você pode usar o utilitário Vmware diskmount para montar o arquivo como um disco normal em outra máquina e copiar / clonar a partir daí.
Verifique se há problemas relacionados a disco no log de eventos do host, ainda pode ser o armazenamento local agindo.