De acordo com outra pergunta no ServerFault, o apt-mirror tem essa habilidade embutida. Basta adicionar a seguinte linha de código ao seu arquivo mirror.list:
set limit_rate 50k
A resposta também afirma que o limite é por thread, então se você tiver 10 threads, o limite seria 50k * 10 = 500k. Também parece que a configuração está em KiloBytes / s em vez de KiloBits.
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