Você disse
gsettings get org.gnome.desktop.background show-desktop-icons
gsettings get org.nemo.desktop show-desktop-icons
ambos retornaram verdadeiro
mas o link que você deu não sugere isso e está errado na verdade. Qualquer um deles deve ser verdade. Se você quiser que o Nemo controle sua área de trabalho, você deve usar
gsettings set org.nemo.desktop show-desktop-icons true
gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons false
O seu link sugerido diz -
Eu não acho que ambas as chaves devam ser verdadeiras. Como diz aqui: link