Pelo que vejo, o arquivo de configuração do host virtual parece ter precedência sobre o arquivo mod_status config.
Na verdade, você concede a todos / em mysite.conf :
<Location />
Require all granted
</Location>
Isso resulta em que todos podem acessar /server-status .
Você teria que gerenciar permissões para /server-status no próprio arquivo de configuração do host virtual /etc/apache2/mods-enabled/status.conf :
DocumentRoot /var/www
<Location />
Require all granted
</Location>
<Location /server-status>
Require local
</Location>
A partir daí, quaisquer permissões que você definir em /etc/apache2/mods-enabled/status.conf , elas serão ignoradas, pois /etc/apache2/mods-enabled/status.conf terá precedência.