Se seus logs estão mostrando que o e-mail foi entregue ao SERVER, então acho que o único passo além disso (se você optar por fazer isso) é procurar na caixa de correio do usuário, etc.
Isso soa como uma coisa de "política do escritório", estou correto?
Se for esse o caso, eu, pessoalmente, provavelmente pararia neste ponto e mostraria que o e-mail foi entregue ao servidor e deixado por aí. Tentar provar que os usuários estão mentindo nunca acaba bem.
As pessoas gostam de culpar "computadores" por tudo. ; -)
Recentemente, tive um caso em que um usuário "armazenava" e-mails em sua pasta "Lixeira" (não pergunte por quê) e depois perdia mais de 600 de seus e-mails "armazenados" quando a pasta da lixeira era excluída. Eles INSISTED alguém logado em sua conta de e-mail e esvaziou o lixo.
Além do óbvio (NÃO salve as coisas na sua pasta TRASH), eu pude provar que NÃO era uma conspiração, capturando capturas de tela e o registro de proxy daquele computador. O usuário CLARAMENTE (acidentalmente) excluiu sua própria pasta Lixeira. (cliente de e-mail baseado na web)
A resposta deles ... "Bem, eu não sei se eu estava CERTAMENTE sentada no meu PC entre 16h45 e 17h00 ... alguém poderia ter aparecido e apagado!"
Neste ponto é muito importante apenas "declarar os fatos". Eu não estou dizendo que você fez isso ... Eu estou dizendo que seu PC emitiu um comando deleteFolder exatamente às 16:47. Então, quem estava sentado na sua mesa às 16:47 fez isso.
Fim da história. ; -)