Bem, depois de uma longa pesquisa e coçando a cabeça, descobri uma maneira de fazer isso.
Primeiro, vá para Contas de usuários e ative a opção "Login automático". Ao fazer isso, você será automaticamente logado na inicialização, mas sua conta e arquivos serão expostos a qualquer pessoa perto do computador.
Agora, abra os aplicativos de inicialização. Clique em Adicionar e insira os detalhes conforme mostrado abaixo
no campo "Comando:", digite o seguinte (também mostrado na captura de tela)
dm-tool switch-to-greeter
Agora, o que ele faz é fazer o login automaticamente e alternar rapidamente o usuário. Assim você estará logado em segundo plano.
Se você deseja iniciar seu download de torrent automaticamente, basta adicionar seu comando "transmission" ou "qbittorrent" aos Aplicativos de inicialização também.