O problema é que você coloca AlternateSignatureAlgorithm = 1
nos arquivos CAPolicy.inf da CA. Esta entrada permite o formato de assinatura PKCS # 1 v1.5 alternativo. Esse formato é suportado por clientes Windows CryptoAPI, no entanto, a maioria dos clientes legados e de terceiros pode não suportar isso.
O que você pode fazer aqui? Examine cada certificado de CA e examine qual deles usa essa assinatura. Eu suspeito que todas as CAs foram instaladas usando o mesmo CAPolicy.inf? Em caso afirmativo, você terá que modificar CAPolicy.inf alterando a entrada para AlternateSignatureAlgorithm = 0
.
Se houver scripts de pós-instalação, substitua (se este comando for apresentado) pelo seguinte comando: certutil -setreg csp\alternatesignaturealgorithm 1
to certutil -setreg csp\alternatesignaturealgorithm 0
.
E renove todos os certificados de CA com o par de chaves * new * .
referência para realizar a renovação da CA: Renovação de uma autoridade de certificação