Infelizmente, a execução ou não do aplicativo em uma sessão de terminal depende de como ele foi escrito. Mais do que provavelmente, o problema de compatibilidade se deve ao código que faz uso do Namespace global, que não é mais permitido por motivos de segurança. Eu tentaria modificar as propriedades do executável para que ele seja executado no Modo de Compatibilidade do Windows XP e ver se isso funciona. Há uma excelente entrada no blog da Technet que explica por que isso acontece com aplicativos herdados: link